Damit Weiher an ihrem Standort erhalten werden können, benötigen sie Pflege. Die natürliche Verlandung des Gewässers muss aufgehalten respektive von Zeit zu Zeit rückgängig gemacht werden. Deshalb müssen Weiher periodisch entschlammt werden. Am besten geht das, wenn die Weiher entleert werden. Bei dieser Gelegenheit sollten auch Wasserpflanzen zu einem rechten Teil entfernt werden.

Bei diesen Arbeiten fallen kleinere und grössere Mengen Schlamm an, welcher verwertet oder umweltgerecht entsorgt werden muss. Dies ist nicht immer einfach: Weiherschlamm ist sehr wässrig und strukturlos. Er besteht nebst Bodenbestandteilen aus etwa 3-10 % organischer Substanz und er kann mit Schadstoffen (vor allem Schwermetalle und Polyzyklische aromatische Kohlenwasserstoffe, PAK) belastet sein. Zudem riecht sauerstoffarmer Schlamm stark nach faulen Eiern

Eine mögliche Verwertung ist das Ausbringen dieser Weiherschlämme auf ackerbaulich genutzten Böden. Alle Weiherschlämme, die in der Landwirtschaft oder anderweitig verwertet werden sollen, sind deshalb rechtzeitig dem AUE, Fachstelle Bodenschutz zu melden. Das AUE beurteilt die Qualität des Schlammes und gibt sie für die Verwertung frei. Belastete Schlämme dürfen nicht landwirtschaftlich verwertet werden. Sie müssen umweltgerecht entsorgt werden.
Dabei sind zum Schutze der Böden "Spielregeln" zu beachten:

Schlämme sind weder Dünger noch Bodenverbesserer. In bestimmten Fällen können sie sogar eine Bodenverschlechterung bewirken. Da sie oft in grösseren Mengen ausgebracht werden, kann die Nährstoffmenge trotzdem relevant sein.
Da Schlämme strukturlos sind, kann die unsachgemässe Ausbringung eine Verschlämmung der Böden verursachen.

Merkblatt: Pflege von Weihern: Wie entleeren? Wohin mit dem Schlamm?